【转载】基因变异有特定的方向么？
有意思，这博客里的很多故事我都知道，我也对历史的必然和偶然感兴趣，但是，同样的例子，我的结论不尽相同。
先说一个，
再比如说翅膀，世界上可能只有一种形成翅膀的方法，所以蝙蝠、鸟类和翼手龙虽然独立进化，其翅膀结构却是一样的。
这里的翅膀，显然只是脊椎动物的。
而上文中这三种翅膀，还正好是脊椎动物中三个不同的翅膀进化方式：蝙蝠是手成翅，鸟是胳膊成翅，而翼手龙是指头成翅。至于这算不自是一样结构，见仁见智。
(图片取自 Sean Carroll 的 Endless Forms Most Beautiful）
再比如：
人眼这个结构不但出现在哺乳动物中，而且出现在六种不同的生物种类中 — 这六个物种的共同祖先是没有眼睛的，它们是在进化史上分道扬镳以后才各自独立地进化出来了眼睛，而且是同一种眼睛。更进一步，组成眼睛一共就只有九种方法，而这九种方法都被进化所发现了。
这眼有多少种结构，我是不知道的，但我知道，这眼睛自打五亿年前出现，到现在，决定眼睛长在哪里的基因，就是 Pax6，不知道是不是所有动物，但应该基本都是如此。
对应理论是，要么这个 Pax6，或者说整个 Pax 家族，被不同物种反复发现，要么就是大家都是从一个根出来的。
我倾向于后一种。不能说全中，但绝大部分情况下，这些重要的基因单元，都是同源的。
再比如，文中说：
在所有可能处理光信号的蛋白质分子中，视紫红质的性能是最好的，生物进化早在几十亿年前就发现了这个完美分子的结构，而且从没有变过。
好，那我取两个视紫红质基因序列，就是人的和小鼠的：
人：RHO rhodopsin [ Homo sapiens ]
ncbi.nlm.nih.gov/sites...
小鼠：Rho rhodopsin [ Mus musculus ]
ncbi.nlm.nih.gov/sites...
用 blastn 作基因比对，序列很长，结果我只取第一段 540 个核酸：
可以看见，相似度极高，83％，p-value 是 10－152，说明是同源的，但，怎么也不能说是从没变过吧？只能说是高度保守，功能极其相似。这不恰恰是进化选择的结果么。
如果不是这样的话，所有的基因序列分析，什么同源基因理论，都没法玩了。当然不是说这些既有的理论一定对，而是说，这文中的理论，如果只按这字面的理解，绝不是进化生物的主流。
事实上，按这理论，我完全就可以导出神创论出来：既然进化不随机，那为什么偏偏是最完美的结果被选中呢？那一定是幂幂中有人定的。
你可以去信这个，但不要跟进化论混在一起。
最后说，变异有没有方向。
当然有的。
比如微观。ACGT 四个核酸，共价键的强弱都不一样，加上前后核酸的影响，当然发生变异的机会是不是样的。否则，CML 这样的癌症，也不会是 9 成总在同一个地方出现染色体的断裂易位。但这也只是 9 成，不是百分百。
最终，变异和选择是一个复杂的体系，变异的方向性，还是要同时看生存压力，是否有进化优势。
随手写写，有很多不严谨的地方，大家见谅。
来源：
知乎每日精选
http://www.zhihu.com/rss
http://www.zhihu.com/question/20252543/answer/14493383
先说一个，
再比如说翅膀，世界上可能只有一种形成翅膀的方法，所以蝙蝠、鸟类和翼手龙虽然独立进化，其翅膀结构却是一样的。
这里的翅膀，显然只是脊椎动物的。
而上文中这三种翅膀，还正好是脊椎动物中三个不同的翅膀进化方式：蝙蝠是手成翅，鸟是胳膊成翅，而翼手龙是指头成翅。至于这算不自是一样结构，见仁见智。
(图片取自 Sean Carroll 的 Endless Forms Most Beautiful）
再比如：
人眼这个结构不但出现在哺乳动物中，而且出现在六种不同的生物种类中 — 这六个物种的共同祖先是没有眼睛的，它们是在进化史上分道扬镳以后才各自独立地进化出来了眼睛，而且是同一种眼睛。更进一步，组成眼睛一共就只有九种方法，而这九种方法都被进化所发现了。
这眼有多少种结构，我是不知道的，但我知道，这眼睛自打五亿年前出现，到现在，决定眼睛长在哪里的基因，就是 Pax6，不知道是不是所有动物，但应该基本都是如此。
对应理论是，要么这个 Pax6，或者说整个 Pax 家族，被不同物种反复发现，要么就是大家都是从一个根出来的。
我倾向于后一种。不能说全中，但绝大部分情况下，这些重要的基因单元，都是同源的。
再比如，文中说：
在所有可能处理光信号的蛋白质分子中，视紫红质的性能是最好的，生物进化早在几十亿年前就发现了这个完美分子的结构，而且从没有变过。
好，那我取两个视紫红质基因序列，就是人的和小鼠的：
人：RHO rhodopsin [ Homo sapiens ]
ncbi.nlm.nih.gov/sites...
小鼠：Rho rhodopsin [ Mus musculus ]
ncbi.nlm.nih.gov/sites...
用 blastn 作基因比对，序列很长，结果我只取第一段 540 个核酸：
可以看见，相似度极高，83％，p-value 是 10－152，说明是同源的，但，怎么也不能说是从没变过吧？只能说是高度保守，功能极其相似。这不恰恰是进化选择的结果么。
如果不是这样的话，所有的基因序列分析，什么同源基因理论，都没法玩了。当然不是说这些既有的理论一定对，而是说，这文中的理论，如果只按这字面的理解，绝不是进化生物的主流。
事实上，按这理论，我完全就可以导出神创论出来：既然进化不随机，那为什么偏偏是最完美的结果被选中呢？那一定是幂幂中有人定的。
你可以去信这个，但不要跟进化论混在一起。
最后说，变异有没有方向。
当然有的。
比如微观。ACGT 四个核酸，共价键的强弱都不一样，加上前后核酸的影响，当然发生变异的机会是不是样的。否则，CML 这样的癌症，也不会是 9 成总在同一个地方出现染色体的断裂易位。但这也只是 9 成，不是百分百。
最终，变异和选择是一个复杂的体系，变异的方向性，还是要同时看生存压力，是否有进化优势。
随手写写，有很多不严谨的地方，大家见谅。
来源：
知乎每日精选
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